Sejarah ini bermula dari gagasan para mahasiswa Indonesia yang menempuh pendidikan di Rotterdam, Belanda, termasuk Fadjar Notonagoro dan Sumitro. Mereka menyadari bahwa Indonesia belum memiliki satupun perguruan tinggi ekonomi, sehingga para pelajar harus menuntut ilmu ke luar negeri. Visi mereka mengawali berdirinya Perguruan Tinggi Ekonomi Krisnadwipayana di Surabaya yang didirikan oleh dr. Ong Eng Djie, yang saat itu menjabat sebagai Menteri Keuangan Republik Indonesia. Meskipun perguruan tinggi ini harus ditutup setelah beroperasi selama satu setengah tahun, namun telah menanamkan benih untuk perkembangan pendidikan ekonomi selanjutnya.

Pada tanggal 1 Januari 1954, Yayasan Perguruan Tinggi Ekonomi Surabaya (PTES) resmi didirikan, yang kemudian dikukuhkan melalui akta notaris Mr.Drs. Liem Hie Hian pada tanggal 22 Juli 1954.

Yayasan ini menghimpun tokoh-tokoh terkemuka dari berbagai bidang, termasuk pejabat pemerintah, pemimpin bisnis, dan tokoh masyarakat. Para pendiri yayasan mencakup Mas Goenadi Widjoasmoro (Kepala Inspeksi Keuangan Surabaya), Liem Djing Lioe (Agen Oei Tiong Ham Concern), Raden Mas Soeparto (Residen Surabaya), dan beberapa tokoh penting lainnya.

PTES secara resmi memulai kegiatan akademiknya pada 15 September 1954, dengan upacara pembukaan yang diselenggarakan di aula Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga. Pada masa awal ini, perkuliahan diselenggarakan di beberapa lokasi, termasuk Gedung Bahari (sekarang Tunjungan Plaza), gedung Agraria/BPN, dan ruangan pinjaman di Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga. Perguruan tinggi ini awalnya hanya membuka satu jurusan yaitu Ekonomi Perusahaan. Pada tahun 1957, PTES menjalin kerjasama penting dengan Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia di Jakarta, yang kemudian membuka jalan bagi pengembangan program Ekonomi Umum.

Berkat perjuangan gigih yang dipimpin oleh R. Samadikoen, Soewondo, dan Wilono, PTES mencapai tonggak sejarah penting pada 1 September 1961, ketika resmi bergabung menjadi Fakultas Ekonomi Universitas Airlangga melalui Surat Keputusan Menteri No.31/1961. Fakultas ini mempertahankan program yang sudah ada dan menambahkan jurusan Akuntansi pada tahun 1963, dengan dukungan dari Universitas Indonesia.

Era ini ditandai dengan reformasi pendidikan yang signifikan. Pada tahun 1975, fakultas memperkenalkan program non-gelar pertamanya - Pendidikan Ahli Administrasi Perusahaan (PAAP). Perubahan besar terjadi pada tahun 1979 ketika fakultas beralih dari sistem paket ke Sistem Kredit Semester, yang secara signifikan meningkatkan tingkat kelulusan. Nama-nama jurusan dimodernisasi, dengan Ekonomi Umum menjadi Studi Pembangunan dan Ekonomi Perusahaan menjadi Manajemen. Fakultas terus memperluas programnya, menambahkan program khusus Perpajakan (1984/1985) dan Manajemen Pemasaran (1985/1986).

Fakultas menjalani akreditasi nasional pertamanya pada tahun 1996, dengan Studi Pembangunan, Manajemen, dan Akuntansi awalnya mendapat akreditasi B. Pada tahun 2000, baik Akuntansi maupun Studi Pembangunan berhasil meraih akreditasi A, mencerminkan komitmen institusi terhadap keunggulan akademik. Periode ini juga ditandai dengan pembangunan infrastruktur yang signifikan, termasuk pembangunan gedung ekstensi pada tahun 1996 dan Pusat Pendidikan Bisnis pada tahun 2000-2001. Fakultas mengadopsi kemajuan teknologi dengan membangun laboratorium komputer, fasilitas internet, dan sumber daya digital untuk mendukung kebutuhan pendidikan modern.